La familia Orlandi está convencida de que el Vaticano conoce el destino de Emanuela pero se niega a revelarlo para no crear un escándalo que perjudique a la Santa Sede.

Emanuela dijo que este hombre le había prometido 375.000 liras por solo dos horas y que volvería a ver a este hombre al final de la lección para decirle si aceptaba la oferta o no.

[3]​[1]​[6]​ Emanuela salió de la escuela junto a su compañeras Raffaella Monzi y Maria Grazia Casini.

[3]​[1]​[7]​ Ercole Orlandi y su hija Natalina presentaron a la mañana siguiente (jueves 23 de junio) la denuncia por desaparición en el Ispettorato Generale di Pubblica Sicurezza del Vaticano, donde indicaron que el guardia de tránsito Alfredo Sambuco y el agente de policía Bruno Bosco habían visto el día anterior, en Corso del Rinascimento, a una muchacha con un hombre que llevaba «una bolsa publicitaria de Avon», y que estaban junto a un vehículo BMW verde antiguo.

Recién un mes después, el 22 de julio, dejaron las comunicaciones telefónicas en manos del abogado Gennaro Egidio quien, según dijo Ercole Orlandi, les fue recomendado por la S.I.S.De.

(Servizio per le Informazioni e la Sicurezza Democratica), servicio secreto italiano que colaboraba con la investigación.

Según Pierluigi, esta niña decía llamarse "Bárbara" y tenía una flauta, pero no quería tocarla delante de todos ya que tendría que usar gafas para leer la partitura.

Todos estos elementos correspondían a Emanuela, salvo el nombre "Bárbara", que podría haber sido falso.

[21]​[22]​[23]​ Cuando se cumplió la supuesta fecha límite del 20 de julio, distintas comunicaciones de días posteriores ratificaron el pedido por la liberación del atacante del papa, pero no hubo novedades sobre Emanuela Orlandi ni se conocieron tratativas oficiales para liberar a Ağca en un intercambio.

[25]​ A pesar de todos los reclamos y declaraciones, los secuestradores nunca pudieron aportar pruebas reales de que realmente tuvieran a Orlandi y Gregori en sus manos.

Posteriormente, la policía italiana abrió la tumba y tomó muestras de ADN.

[29]​[30]​ A través de sus declaraciones la policía encontró la casa con un sótano donde Minardi dijo que fue encerrada Emanuela y también hallaron un BMW gris (presuntamente usado en el secuestro) en un estacionamiento subterráneo de Villa Borghese.

[32]​ Sabrina Minardi también involucró a Paul Marcinkus, un arzobispo que estuvo al frente del Instituto para las Obras de Religión (IOR), conocido como el Banco vaticano: Minardi dijo que en una oportunidad De Pedis le llevó a Marcinkus «mil millones» de liras.

Y añadió que la hipótesis sostiene que «la mafia pudo haber pedido ese dinero, y en el Vaticano ya no estaba más, se había mandado afuera.

Sobre todo, durante los meses siguientes los presuntos secuestradores nunca pudieron aportar ninguna prueba real de su cautiverio.

En julio de 1993, el cardenal Silvio Oddi hizo algunas declaraciones ambiguas sobre Orlandi.

Los dos gendarmes no pudieron ver quién era el conductor del coche, pero tuvieron la impresión de que había aparcado a pocos metros de distancia para no ser reconocido.

Oddi nunca dio más explicaciones sobre este rumor y la identidad de los dos gendarmes permaneció desconocida.

[38]​ En 2012, el exorcista del Vaticano Gabriele Amorth publicó un libro donde afirmó: «Se organizaban fiestas en las cuales estaba involucrado como reclutador de muchachas también un gendarme de la Santa Sede.

Aseguró que intentó volver a reunirse con el papa, pero nunca se le concedió una audiencia.

Dijo que originalmente el secuestro iba a ser temporal, pero al final las cosas empeoraron.

En 2022 se demostró que el ataúd de Skerl había sido robado.

Accetti también afirmó que la muerte de Skerl estaba relacionada con los casos Orlandi-Gregori.

[48]​[49]​ La familia Orlandi pidió que se reabriera en 2017 el caso (había sido cerrado un año antes) luego de que el periodista Emiliano Fittipaldi publicara el libro de investigación «Gli impostori», donde asegura que un documento del Vaticano revela que se pagaron 483 millones de liras para «mantener alejada de su domicilio a la ciudadana Emanuela Orlandi», presuntamente en Londres.

Según Fittipaldi, el documento de seis páginas escrito a máquina le fue entregado por un contacto de la Santa Sede, con todos los gastos que habría acarreado Emanuela entre 1983 y 1989.

[52]​[53]​ En 2021 el magistrado de Roma Giancarlo Capaldo reveló que en 2012, durante la segunda investigación del caso Orlandi, se llevó a cabo una negociación secreta entre el y dos emisarios del Vaticano.

La familia Orlandi tomó el mensaje del Papa de manera positiva, como un paso más hacia la transparencia.

En la carta, Casaroli le pregunta a Alzate si era cierto que Natalina Orlandi, hermana mayor de Emanuela, le confió que una vez ella recibía "avances morbosas" de su tío Mario Meneguzzi.

En cualquier caso, la noche en que Emanuela desapareció, Meneguzzi se encontraba en su casa de vacaciones en Spedino (fracción de Borgorose) con su esposa Lucia Orlandi, su hija Monica y su cuñada Anna Orlandi.

Domenico Sica se las arregló para seguir a Meneguzzi en un coche de los Carabinieros, pero el seguimiento se estropeó cuando Meneguzzi, al darse cuenta de que lo seguían, se volvió hacia Giulio Gangi (joven agente del servicio secreto amigo de su hija Mónica que había estado ayudando la familia Orlandi con su investigación desde los primeros días).