[3]​ En 1958 Deportes La Serena participó por vez primera en la división de honor y terminó en tercer lugar, igualando en puntaje a Colo-Colo y a un solo punto del campeón de ese año Santiago Wanderers.

En ese mismo campeonato el delantero José Sulantay se consagró como goleador del torneo.

[3]​ Sin embargo, en el campeonato oficial La Serena se ubicó en último lugar, descendiendo para la siguiente temporada.

[7]​ Los años 1960, empezaron con el club llegando nuevamente a la final de la Copa Chile, en donde derrotaron por 4:1 a Santiago Wanderers, coronándose campeones del torneo al mando del técnico argentino Francisco "Pancho" Villegas.

[9]​ En 1962 con el equipo nuevamente en Primera, Deportes La Serena hizo una buena campaña, que lo ubicó finalmente en cuarto lugar, empatando en puntaje con Colo-Colo,[10]​ y al año siguiente, bajo la conducción técnica del argentino Miguel Mocciola volvieron a realizar una buena campaña finalizando en tercer lugar.

El club tenía en esa época, buenos jugadores como Juan Koscina, Sergio Cantú, Pedro Manfredini, José Sulantay y Sergio Ahumada, este último posteriormente sería figura en las Copas Libertadores de 1973 , 1975 , 1977 en Colo-Colo, Unión Española y en Everton respectivamente.

Ya en el ascenso, La Serena obtiene resultados irregulares, pues ocupa puestos de avanzada pero no puede ascender.

En esa ocasión, equipos como Rangers y Santiago Wanderers, lograron cupos en la división de honor, ya que la Asociación Central de Fútbol los consideró "buenas plazas", lo que en el caso del cuadro granate, no se pudo conseguir.

En esos años, el club se reforzó con jugadores brasileños, que fueron Torino, Escurinho y Severino Vasconcelos (este último conocedor del fútbol chileno, por sus pasos por Colo-Colo, donde es ídolo, y Universidad de Chile, club en el cual logró un ascenso a la Primera División.

En esta instancia se enfrenta ante Colo-Colo, consiguiendo un empate de local y cayendo en su visita a Santiago.

En 1989 nuevamente ingresó en el torneo clasificatorio, pero esta vez su rival fue Cobreloa, donde por segunda ocasión no pudo superar la primera fase.

La Serena decidió armar un buen plantel para conseguir el pronto regreso a la serie de honor, y contrató jugadores como el insigne golador Rubén Martínez, quien fue campeón de la Copa Libertadores 1991 con Colo-Colo.

En aquella instancia, La Serena consiguió ganar sólo siete partidos, obteniendo 33 puntos y quedando en el último puesto, decretándose su descenso automático junto con Rangers, pues el resto de los descendidos –Cobresal y Deportes Iquique– lo hicieron en la Liguilla de Promoción.

Con esa campaña el equipo retorna a la Primera División del fútbol chileno.

[37]​ Durante la campaña de 2006, Deportes La Serena logra una hazaña al empatar en el segundo tiempo a Colo-Colo, tras ir perdiendo por 4 goles a 0 en el Estadio Monumental, siendo el plantel albo campeón de Claudio Borghi, con figuras como Alexis Sánchez y Humberto Suazo, finalmente los cuatro goles que frenaron la racha de triunfos del cacique corrieron a cargo de Pablo Bolados (minuto 51), Rodolfo Moya (minuto 56), nuevamente Bolados en el minuto 69 y reglamentario puso fin al 4-4.

Es así como la hinchada granate exigía mejores resultados y a la vez un cambio radical en la conformación del equipo.

Para ello la dirigencia del club encabezada por el presidente Mauricio Etcheverry, tomó drásticas medidas en donde se excluyeron a 10 jugadores de ese plantel del apertura que culminó en la última posición con un claro riesgo de perder la categoría.

Es así como se hace presente a la vez, toda esa garra, esas fuerzas de flaqueza que caracteriza al pueblo granate cuando está en momentos críticos y con la incorporación en el clausura de jugadores formados en Club Deportes La Serena como Mauricio Salazar y Patricio Rubina, también llegaron jugadores con un cartel desconocido, es el caso del defensa "Chiqui" Pérez y Javier Elizondo, que terminó siendo apodado "El Canibal del Gol" y uno de los goleadores del torneo.

En la siguiente ronda le tocó enfrentar al equipo de Colo Colo con importantes bajas en su plantel como Mauricio Salazar, que terminó lesionado en el partido contra Unión Española y así como también del goleador Sebastian Tagliabue expulsado ante los españoles.

[49]​ Los primeros días de junio, se confirmó a Sergio Carmona como el nuevo Director Técnico del primer equipo, él se encontraba ligado a las divisiones menores del club hasta ese entonces, además de haber dirigido un par de partidos en el primer equipo, cuando este se encontraba en la Primera División.

Luego de visitante obtuvo 2 empates frente a Deportes Copiapó por 2-2 y ante Santiago Wanderers por 1-1.

En la Copa Chile 2018, perdió ante Lautaro de Buin por 1-0 en la ida, y en la vuelta remontó ganando por 3-0, sin embargo en la segunda ronda fue eliminado el equipo granate por la Universidad de Chile, perdiendo por 1-4 ante el equipo laico, marcando el despido de Ariel Pereyra del equipo granate, dejando a Gonzalo Benavente como técnico interino para el partido de vuelta que finalmente perdió La Serena por 0-2, y llegó Luis Marcoleta a la banca granate.

Sin embargo, eso no perjudicó al juego del equipo pirata, ya que aun así fue superior llegando al arco rival, que hizo el segundo gol por parte de Kilian Delgado.

Debido a esto el primer lugar (Santiago Wanderers) a 3 puntos del club granate, fue determinado por la ANFP como campeón del torneo y primer ascendido automáticamente a Primera División, mientras que La Serena debía jugar contra el ganador de la final de la liguilla de promoción, el cual fue Deportes Temuco.

En la fecha 16, llegó como entrenador Miguel Ponce, quien ya había dirigido a La Serena en su campaña previa al descenso de 2012.

Sin embargo, pese a que inició con 2 derrotas como visitante ante Deportes Iquique y Universidad Católica y terminar la primera rueda con 9 puntos, comenzó una racha de 6 victorias seguidas, destacando la victoria por 1-0 ante su archirrival Coquimbo Unido, la victoria por 3-1 ante Palestino como visitante (en donde el jugador Humberto Suazo, quien se convertiría en el goleador del equipo en aquella temporada, marcó su gol 100 en la Primera División de Chile) y la victoria por 2-0 ante Colo-Colo en el Estadio Monumental, estadio donde solo conoció la victoria en 2012 con Ponce también como técnico del club granate, superando así a su rival por 4 puntos abandonando el último lugar de la tabla general y de coeficientes.

Desde su fundación la camiseta titular del club es de color rojo o granate, color representativo de la ciudad, y que también fue usado por la selección amateur que logró el campeonato nacional en su categoría en los años 1949, 1951 y 1953.

[53]​ En el año 2020 se le agregaron motivos que aluden a las culturas diaguita y molle.

Balmaceda y su nombre se debe a que entre 1750 y 1930,[55]​ en la misma intersección donde está actualmente el estadio, existió una gran portada de piedra que sirvió como acceso principal a la ciudad, el cual era llamado La Portada de La Serena.

[59]​ Erwin Durán Jonathan Viveros Arturo Sanhueza Cristóbal Rivas Carlos Guerra Paulo Véliz