Por un lado, en el presente, los X-Men se enfrentan a la Hermandad de mutantes diabólicos, liderada por Mystique.
Paralelamente, la historia transcurre en un futuro en el que el senador Robert Kelly ha sido asesinado por dicha hermandad.
Los X-Men logran evitar el asesinato y la mente de la Kitty Pryde adulta regresa al futuro.
Capcom 3 tiene un nivel inspirado en Días del futuro pasado, que sirve como alternativa al escenario estándar de Metro City, con un póster "Aprehendido" / "Matado" similar al famoso, con personajes de Marvel y Capcom que protagonizó Marvel vs.
Capcom 2: New Age of Heroes, pero no regresó para los juegos de Marvel vs.