Malan fue desde joven un ferviente defensor del afrikáans, un idioma emergente ante el más difundido inglés.
En 1905 fue ordenado sacerdote de la iglesia Nederlandse Hervormde Kerk (Neerlandesa Reformada) y fue destinado a Montagu donde permaneció hasta 1915.
Con cierta frecuencia viajó en misiones evangelizadoras al Congo Belga y a Rodesia.
En 1924, cuando el partido ganó las elecciones bajo el liderazgo de James Hertzog, Malan pasó a ocupar el cargo de Ministro del Interior, Educación y Salud Pública; cargo que mantuvo hasta 1933.
Malan estuvo a la vanguardia del esfuerzo para sustituir el inglés por el afrikáans en la constitución.