[2]​ La cueva fue explorada por primera vez el 30 de abril de 1938, durante la guerra civil española, por parte de oficiales del ejército, entre los que hay que reseñar a Francisco Segovia García, Rafael Naranjo Morales, Ricardo Bárcena Nalda y el entonces párroco de Zuheros don Pedro Vallejo, a los que se les atribuye el descubrimiento del cadáver humano que se encuentra depositado en el fondo.

Posteriormente la cueva ha sido objeto de varias excavaciones arqueológicas de las que se ha obtenido información valiosa acerca del Paleolítico Medio y del Neolítico.

También se conserva el cadáver de una mujer en una posición que indica un enterramiento.

Existe, por otro lado, documentación de que fue ocupada por el Homo sapiens, tal y como lo conocemos hoy día, durante el Paleolítico Superior, lo cual es clave para la historia de Andalucía en este periodo, ya que existía un vacío de información referente a esta zona geográfica.

La cueva volvió a ser ocupada durante el Imperio romano, a mediados del siglo III y todo el siglo IV, periodo del que también se conservan restos de recipientes y se especula que algunos habitantes del pueblo se refugiasen en medio de una época de conflictos.