En el pasado se clasificaba junto al cuco oriental (C. saturatus) y el cuco de Horsfield (C. optatus) en una sola especie, C. saturatus, pero en la actualidad se consideran especies separadas en función de sus distintos cantos, tallas y plumajes.
[2] El cuco oriental y el cuco de Horsfield tienen un aspecto similar al cuco de las Sonda pero son más claros y con las partes inferiores menos amarillentas y las listas de las partes inferiores más estrechas.
C. l. lepidus es la forma que se encuentra en la mayor parte de su área de distribución y la subespecie C. l. insulindae que ocupa Borneo y puede distinguirse por sus partes inferiores más oscuras.
[2][6] Se cree que su población está en lento declive pero todavía tiene un tamaño y extensión considerables por lo que está clasificado como especie bajo preocupación menor por BirdLife International.
[2] Es un ave discreta difícil ve encontrar a no ser por su canto.