En una de las canteras más importantes del país, Marrugo sería convocado a una Selección Colombia Sub-15.
Luego de tres años con los azucareros y debido a diferencias internas con la institución, en pleno 2003, decide pegar el salto a Medellín y recala en Club Atlético Nacional.
Cristian Marrugo se inició en las divisiones menores del Deportivo Cali donde jugó desde el 2000 hasta el 2003, en este año fue comprado por Atlético Nacional.
En el Independiente Medellín perdió dos finales, una en 2014-2 contra Santa Fe y la otra en 2015-1.
En el 2016 el capitán del Independiente Medellín llega a su tercera final de campeonato consecutiva.
Tras finalizar su participación en el primer semestre del año, confirma su no continuidad en el equipo embajador.
Para la temporada 2024 es fichado por el club de su ciudad natal el Real Cartagena que disputa la segunda división del futbol colombiano, siendo su primera participación en el cuadro heroico.