La iglesia probablemente fue construida por el rey lombardo Rotario (636-652) como la catedral arriana de la ciudad.

[1]​ Más tarde se convirtió en el punto de apoyo de la conversión al catolicismo de los lombardos iniciada por Teodolinda y los monjes de San Colombano y que más tarde recibió, precisamente en Pavía, un gran impulso del rey Ariberto I (653-661) y del obispo Anastasio[2]​ .

La cripta se remonta a las intervenciones de reconstrucción del siglo XI que involucraron a la iglesia, que sufrió extensas reconstrucciones en 1512 y durante el siglo XVII, solo para ser destruida y reconstruida nuevamente en el siglo XVIII.

La cripta, aunque remodelada en época románica, aún conserva algunos capiteles de época lombarda que muestran un alejamiento del arte clásico a través de formas originales inspiradas en la joyería.

Visitar la cripta requiere ponerse en contacto con los Museos Cívicos.