La Copa México 1989-90 fue la 62° edición de la Copa México, la 35° en la era profesional.
El torneo empezó el 17 de enero de 1990 y concluyó el 18 de abril de ese mismo año en Puebla, en el cual el equipo de Puebla FC logró el título por cuarta vez con marcador final de 4 - 3 sobre los Tigres de la UANL.
Para esta edición se jugó la eliminación directa entre los 20 equipos de la primera división, jugando los últimos cuatro en la tabla general, al finalizar la primera vuelta, una fase previa.
La ronda de los dieciseisavos de final tuvo lugar el 17 y 18 de enero, los partidos de ida, y el 31 de enero de 1990, los de vuelta.