Marcó su primer gol en el máximo circuito el 18 de febrero de 1982 en un partido en casa contra Atlas cuando entró como sustituto en el minuto 70, y tres minutos después anota el gol ganador para poner el 1-0.

Al iniciar la temporada 1984-85, fue transferido a América, donde estuvo bajo contrato por los siguientes diez años.

Entre 1984 y 1993 Farfán jugó en 27 partidos con la selección mexicana, en los que marcó un total de cinco goles.

Después de su carrera futbolística, comenzó su trayectoria como entrenador, donde intervino dos veces como director técnico interino para su antiguo equipo América.

Posteriormente retomaría ese rol interino sustituyendo a Alfredo Tena a partir de la jornada 3 del Invierno 2000; esto durante cinco partidos de liga y tres del selectivo Pre Libertadores.