La copa Campeón de Campeones 1988-89 fue la edición XXXVI del Campeón de Campeones, que enfrentó al campeón de la Liga 1988-89: América y al campeón de la Copa México 1988-89: Toluca.
Esta sería la última edición que enfrentaría a los campeones de liga y copa de la temporada del fútbol mexicano, como tradicionalmente se hacía desde 1941-42.
Los títulos de campeonísimo en 1989-90 y 1994-95, la ausencia de fechas disponibles del calendario en 1990-91, 1991-92 y 1995-96; y las cancelaciones de la Copa México, primero en 1992-93 y 1993-94; y después de forma definitiva en 1997-98, evitarían la realización de este certamen.
Se regresó a la tradicional definición en un solo partido a celebrarse en la capital del país.
América se coronó por tercera ocasión consecutiva ante el campeón de Copa, en esta ocasión el Toluca.