Copa J. League 2006

El campeón fue JEF United Chiba, tras vencer en la final a Kashima Antlers.

Se ha seguido la reglamentación del año anterior.

Además, en la fase final fue adoptada por primera vez la regla del gol de visitante.

Entre los equipos que finalizaron en el segundo lugar de sus respectivos grupos, los tres mejores avanzaron a cuartos de final.

El Premio Nuevo Héroe es entregado al mejor jugador del torneo menor de 23 años.