La temporada inaugural de 1999 contó con diez equipos, y con el paso del tiempo ha ampliado su número hasta la configuración actual.En sus primeros años la liga mantuvo un sistema cerrado de participación, y las expansiones estaban sujetas a unas estrictas condiciones.[2] Después de haber alcanzado los dieciocho equipos en la temporada 1998, la J. League desarrolló un plan a largo plazo para consolidar el fútbol profesional que incluía una nueva segunda división.Tokyo, Kawasaki Frontale, Montedio Yamagata, Oita Trinita, Omiya Ardija, Sagan Tosu, Vegalta Sendai y Ventforet Kofu—.(2001), el primer club de socios japonés que había sido impulsado por seguidores del desaparecido Yokohama Flügels.[1][4] En 2006, la J. League impulsó un plan para fomentar la profesionalización del fútbol japonés: los clubes interesados debían inscribirse como «miembro asociado» —J.Si al finalizar el campeonato dos equipos igualan a puntos, los mecanismos para desempatar la clasificación son los siguientes: Al término de la temporada, el equipo que más puntos obtenga se proclama campeón de la J2 League y es ascendido, junto con el subcampeón, a J1 League.En cualquier caso, los clubes de la J3 deben cumplir unos requisitos impuestos por la organización para aspirar a la segunda categoría.
El brasileño
Hulk
ostenta el récord de máxima anotación de la segunda división japonesa: 37 goles con
Tokyo Verdy
en la temporada 2007.