Durante tres años luchó por el ascenso a la Japan Football League (JFL), hasta que lo consiguió en 2008 al terminar segundo en la promoción.

El equipo se inscribió como "miembro asociado de la J. League" en 2009 y después de un undécimo puesto en su primer año, quedó en quinta posición en los dos siguientes, a las puertas del ascenso a la segunda división.

En 2013 se estrenó en la J2 League con Takuya Takagi, exfutbolista y natural de Nagasaki, como entrenador.

[2]​ V-Varen disputa sus partidos como local en el Peace Stadium Connected by Softbank, el cual fue inaugurado en 2024.

Partido por la PazEl partido por la paz enfrenta al Sanfrecce Hiroshima y al V-Varen Nagasaki conmemorando los bombardeos atómicos de Hiroshima y Nagasaki, este encuentro solo se ha llevado a cabo 2 veces, durante la temporada 2018 donde ambos equipos compartieron división.