El diseño correspondió a fray Alberto de la Madre de Dios, el arquitecto más importante de esos años, como corroboran los recientes descubrimientos documentales.
Finalizados los diseños en marzo de 1613, el arquitecto marchó rápidamente a Lerma, para diseñar el conjunto palacial y conventual de la villa de Lerma.
El convento se distribuye en torno a un claustro central cuadrado, como la mayoría de construcciones monásticas de la época.
La iglesia constituye el elemento más interesante del conjunto, consta de planta de cruz latina con una sola nave, cubierta con bóveda de cañón.
El retablo está decorado con dos pinturas del siglo XVII, “La Encarnación” y “El Calvario”.