A principios del siglo XIX Bernardo de los Ríos, al mando del Regimiento Provincial de Soria, viendo que el viejo colegio de Jesuitas, donde se encontraba el cuartel, no ofrecía demasiada protección, inició los trámites para buscar un cuartel más adecuado.

Iniciadas las obras y realizándose catas en el interior de la iglesia, se descubrieron enterramientos pertenecientes a diferentes épocas, perteneciendo los restos óseos a las monjas clarisas que habitaron el templo entre los siglos XIV y XIX.

A pesar de haber sido desmantelado, el exterior del templo se conserva con pequeñas intervenciones que afortunadamente no han afectado en gran medida a su fábrica.

La cornisa sobre la que descansan las bóvedas, y los arcos fajones, se apoya a la vez en esbeltas columnas, integradas en los muros hasta la mitad de los fustes y estriadas desde sus pedestales hasta los capiteles.

El interior del templo constaba de una amplia nave sin más capillas, altares, ni retablos que los que ocupaba el ábside, a cuyo espacio semicircular se le anteponía un alargado presbiterio.

Su arte mueble se encuentra depositado en la Concatedral de San Pedro.