Apoyada la pretensión, Beltrán Coronel, consiguió de los pontífices Gregorio III y Pío V una bula para fundar el convento, con la iglesia y parroquia de Santo Tomé anejas.

[3]​ El edificio se levantó dejando, entre él y la iglesia de Santo Tomé, una calle que conducía a la plaza de los Mercedarios; pero en 1586 solicitaron al Ayuntamiento de la ciudad el permiso para cerrar la calle e incorporar el convento a la iglesia, apelando a que aquella calle no tenía tránsito y no había inconveniente en cerrarla y además los monjes no podían celebrar cómodamente los maitines y otros oficios que por su regla debían tener lugar de noche.

[4]​ A principios del siglo XIX el convento fue desamortizado.

Una de sus más ilustres moradoras fue la Venerable Clara (1902-1973) que ejerció de Sacristana, Tornera, Ropera, Vicaria, Ecónoma y Abadesa, este último cargo durante 17 años.

Se manifiesta claramente la zona añadida a finales del siglo XVI, que ocupa la calle clausurada.