Durante toda su historia fue convento de monjes franciscanos hasta que estos lo abandonaron en 1942.
El lugar elegido inicialmente para la fundación fue el espacio ocupado por unas casas conocidas como "que dizen de Tarazaga e los dos quiñones adjuntos en el egido de la Magdalena", trasladándose posteriormente a la ubicación actual.
El convento se amplió en los siglos XVIII y XIX, añadiendo nuevas naves idénticas a las primeras y nuevas capillas a la iglesia, estas últimas de estilo barroco.
En 1877, los franciscanos regresaron a su antiguo convento, trasladándose el hospital y casa de caridad al otro edificio.
La orden abandonó definitivamente el convento en 1942 debido al escaso número de frailes.