El Consejo Superior Universitario Centroamericano nació a raíz del Primer Congreso Universitario Centroamericano que se celebró del 15 al 24 de septiembre de 1948 en San Salvador, dando así vida a la Confederación Universitaria Centroamericana y con ella su máxima autoridad: El CSUCA.
El movimiento de renovación institucional en las universidades centroamericanas se inicia a partir del I Congreso Universitario Centroamericano, celebrado en San Salvador en 1948, a partir del cual fue creada la Confederación Universitaria Centroamericana y su máxima autoridad, el CSUCA.
A inicios de los años noventa, el CSUCA sufre una crisis institucional, la cual al ser mitigada permite realizar en 1995, en Tegucigalpa, Honduras, el IV Congreso Universitario Centroamericano.
En el VI Congreso Universitario Centroamericano realizado el 10 y 11 de noviembre de 2004 en Guatemala, se aprobaron 16 Áreas Prioritarias Estratégicas para los próximos 10 años, las cuales fueron ratificadas en la LXXIII reunión del Consejo Superior Universitario Centroamericano, las cuales fueron las siguientes.
Las universidades que conforman actualmente a la Confederación son las siguientes: