[1] Según la Oficina del Censo, el condado tiene un área total de 2218 km² (856,4 mi²), de la cual 2199 km² (849 mi²) es tierra y 19 km² (7,3 mi²) (0.85%) es agua.
El condado de Nez Perce posee dos ríos, el Clearwater y el Snake, los cuales se juntan en Lewiston y discurren hacia el oeste.
El Clearwater discurre desde el este y el Snake desde el sur, creando una frontera con el estado de Washington, y más hacia arriba, con el estado de Oregón.
La parte norte del condado pertenece a Palouse, una región agrícola ancha y extensa de la mitad de "Columbia basin".
En 2000 los hombres tenían un ingreso per cápita de $34 688 versus $23 014 para las mujeres.