El río nace nominalmente en la localidad de Kooskia (675 hab.), en la confluencia del ramal Sur («South Fork Clearwater River») y del ramal Medio («Middle Fork Clearwater River»).Aquí el río vira hacia el Oeste, entrando en el condado de Nez Perce, pasando por las pequeñas localidades de Big George, Lenore, Cherrylane, Myrtie, Arrow y Spalding, donde recibe por la izquierda las aguas del arroyo Lapwai, donde está otra de las secciones del Parque Histórico Nacional Nez Perce.La presa Dworshak se encuentra en el ramal Norte, justo al noroeste de Orofino.La frontera entre los estados de Washington y Idaho fue definida como el meridiano que corre hacia el norte desde la confluencia de los río Clearwater y Snake.
