Cuenta con plena autonomía orgánica, funcional, de gestión y presupuestaria, con personalidad jurídica y patrimonio propios.
Su actual presidente es José Antonio Morales Notario.
De acuerdo al artículo 9 de la Ley de Derechos Humanos del Estado de Tabasco, la Comisión no es competente para conocer de asuntos relativos a: La Comisión Estatal de los Derechos Humanos de Tabasco es integrada por un Consejo Consultivo, integrado por 7 consejeros, entre ellos su Presidente, quien es electo por el Congreso del Estado de Tabasco para un periodo de 5 años, pudiendo ser reelecto para un periodo inmediato igual.
El resto de los consejeros son electos por el Congreso para un periodo de 2 años, pudiendo ser ratificados para un periodo inmediato igual.
La persona titular de la Presidencia de la Comisión Estatal de los Derechos Humanos es la encargada de la dirección ejecutiva del organismo y es quien debe presentar un informe anual de actividades y comparecer anualmente, en el mes de diciembre, ante el Congreso del Estado de Tabasco.