[6]​ Esta primera etapa se caracteriza por la práctica ausencia de presupuesto.

[4]​ En 1964, dentro del primer Plan de desarrollo, se creó el Fondo Nacional para la Investigación Científica y Técnica que dotaba de recursos económicos a la CAICYT para desarrollar su labor.

Estos fondos permitieron subvencionar proyectos de investigación públicos, y contribuyeron a la financiación de infraestructuras y equipamiento científico en las universidades.

No consigue logros importantes y sufre sucesivas reformas en 1978, cuando pasa a depender del Ministerio de Universidades e Investigación, y a primeros de los años 80 pasando definitivamente a depender del Ministerio de Educación y Ciencia.

[7]​ La CAICYT fue extinguida el 25 de marzo de 1987 y su labor pasó a ser llevada a cabo en gran medida por la Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT) junto a otros organismos posteriores como la Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva (ANEP) y el Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI).