Se encargaba de la planificación, coordinación y seguimiento del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica, y por tanto dirige la política científica y tecnológica española.
La Comisión Interministerial de Investigación Científica y Técnica se estructuraba en comisiones (acción ejecutiva) y consejos (acción consultiva).
La Comisión Plenaria dirige la política española de I+D+I y está presidida por el presidente del gobierno.
También cuenta desde 2004 con un Comité de Apoyo y Seguimiento (CAS), para la gestión a corto plazo.
La Comisión Interministerial de Investigación Científica y Técnica estaba compuesta por: