La planta, totalmente, irregular, viene impuesta por las calles adyacentes, las cuales convierten al Colegio en un edificio exento.
El edificio está organizado en torno a dos patios irregulares y carece de una gran escalera.
El hueco adilentado de esta se halla enmarcado por dos hermosas canéforas y, en su parte superior, por el escudo del cardenal Silíceo sostenido por dos putti.
En el siglo XX merece un recuerdo el antiguo seise e ilustre compositor D. Jacinto Guerrero, a quien se debe la música de magníficas zarzuelas, como "Los Gavilanes", "El huésped del Sevillano" y "La rosa del azafrán".
En esta etapa fundacional el cardenal Silíceo nombra al deán y al Cabildo de la Santa Iglesia Catedral Primada como perpetuos administradores del dicho Colegio, así como un "director", sacerdote de la misma Catedral.
En las mismas Constituciones, en el número 14, el Cardenal Silíceo ordena que los niños "sean vestidos de ropas coloradas", como actualmente visten: sotana roja y sobrepelliz blanco.
Es a partir de entonces cuando el Colegio comienza su nueva andadura: el número de alumnos se va incrementando y hace que sea inviable el seguir en el antiguo y primer edificio del Colegio.