Situado en el coro bajo de la iglesia se encuentra un pequeño pero interesante museo.
El convento de Santa Úrsula fue fundado por Sancha Maldonado entre 1460 y 1470, confirmándose la erección del monasterio por bula papal otorgada por Sixto IV en 1480.
El proyecto del arzobispo Fonseca conllevaba una magnificencia contraria a la austeridad predicada por la Orden Franciscana.
Las metopas del friso presentan iconos alusivos a María y el dintel una cartela con los brazos de Cristo y San Francisco cruzados, emblema de la orden franciscana.
La pequeña puerta del convento destaca, por su austeridad y está coronada por una escultura gótica representando a un ángel sosteniendo el escudo arzobispal.
Actualmente estas hornacinas están ocupadas por las imágenes con las que la Seráfica Hermandad de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Agonía procesiona desde esta iglesia la tarde del Jueves Santo.
En el cuerpo bajo presenta medallones con la Anunciación y Santiago en la batalla de Clavijo custodiados por los evangelistas.
Desde 1968 cuenta con un pequeño e interesante museo instalado en el coro bajo de la iglesia.