En segunda fase, donde compartió grupo con Atlético Policial, Concepción FC y Unión de Villa Krause, no logró mantener los buenos resultados, perdiendo cinco de los seis encuentros, terminando su participación ganándole al cuadro sanjuanino.
En el siguiente torneo Unión Aconquija se clasifica en cuarta posición, logrando alcanzar nuevamente la segunda fase.
En la segunda fase termina sexto de nueve equipos, clasificando a la reválida, en la que es derrotado 1-0 por Chaco For Ever.
En la última edición comenzaron los problemas para el club a nivel económico e institucional.
Dichos problemas se reflejaron en la última posición del equipo en su zona, obteniendo solo un triunfo en 18 partidos, y anotando 7 goles.
En la reválida obtiene solo 10 puntos en 10 partidos, ubicándose quinto de seis equipos, con dos triunfos, dos empates y cuatro caídas.
En la siguiente edición cayó en fase previa ante Mitre de Santiago del Estero.
Además tiene un complejo institucional con gimnasio, comedor y habitaciones acondicionadas para albergar a los jugadores que militan en la Liga Andalgalense de Fútbol.