Actualmente participa en el Torneo Regional Federal Amateur última división del fútbol argentino para los clubes indirectamente afiliados a la AFA.

Su época de dorada fue en la década de 1970, donde disputó partidos importantes a nivel regional y nacional, con futbolistas destacados como Hugo Osoro, Carlos Jatib, Mirón Sánchez, Carlos Del Castillo, entre otros.

[11]​ Al siguiente año nuevamente clasificó primero del grupo 7-B, pero perdió frente a Renato Cesarini de Rosario.

Atlético Paraná se enfrentó a Juventud Unida de Gualeguaychú con quien perdió sus dos partidos por idéntico marcador (2-1).

Después enfrentó a Atlético San Jorge y venció en el estadio Mutio por 1-0 (con gol de Chitero).

[15]​ En la temporada 2012-13, el Club Atlético Paraná participó por segunda vez consecutiva en el Torneo Argentino B.

En la segunda fase quedó eliminado al finalizar tercero en el grupo F, luego de perder en la última fecha frente a Sportivo Las Parejas.

En su tercera participación en el torneo, Atlético Paraná termina como líder de su grupo en la primera fase con 35 puntos (11 victorias, 2 empates y 5 derrotas).

[16]​ En su primera temporada en el Torneo Federal A, finalizó tercero de la zona 4 sumando 19 puntos, con lo que se clasificó al repechaje.

En el estadio municipal “Antonio Romero” de la capital formoseña, Paraná sentenció la historia con un contundente 3 a 1.

El Club Atlético Paraná llegó a la Primera B Nacional un día domingo 7 de diciembre del año 2014.

Logra redondear una buena campaña en general, terminando en el séptimo puesto con 58 puntos (16 victorias, 10 empates y 16 derrotas), a solo 4 puntos del quinto puesto que les hubiera permitido ingresar al torneo reducido de ascenso a Primera División.

A mediado de 2009, el club inició un proyecto deportivo que busca ampliar y fortalecer las competiciones internacionales.

Durante la temporada 2015 se enfrentan en la B Nacional por primera vez, siendo Patronato el ganador de ambos partidos (2-0 y 2-1).