La ciudad fue completamente destruida en 1221 por el ejército mongol y reconstruida por los gobernadores de la dinastía Kart que establecieron su gobierno con base en Herāt a mediados del siglo XIII.

[4]​ El kartid Amir Fakhr al-Din (r. 1295-1308) en 1299/1300 reforzó las torres, muros, murallas y foso de la ciudadela, y añadió un maidan amurallado al oeste para que sirviera como mezquita al aire libre (idgah).

Se cree que el nombre Ikhtiyar al-Din, que se refiere a los recintos oriental y occidental, es el nombre o epíteto de un emir o comandante militar de Kart.

La ciudadela fue utilizada como residencia real, tesorería, prisión y arsenal bajo la dinastía Hotaki/Imperio durrani en el siglo XVIII.

Una ciudadela moderna (Arg-e Herat) fue construida inmediatamente al norte a mediados del siglo XIX para asumir su función defensiva.

[5]​ El complejo más antiguo al este, que se encontró lleno de escombros, fue excavado parcialmente para revelar dos estructuras del patio.

También se la conoce como la Ciudadela Superior, por su sitio elevado, y está construida con ladrillos cocidos.