Pero el proyecto no prosperó por tratarse de un espacio natural no edificable, que actualmente está catalogado como Zona de especial protección para las aves (ZEPA).

[5]​ En 1987 el presidente José Luis Núñez, recogiendo la idea de su predecesor, adquirió unos terrenos agrícolas en San Juan Despí, pero problemas burocráticos y administrativos en la recalificación paralizaron el proyecto durante años.

Los terrenos, por los que el FC Barcelona pagó 250 millones de pesetas, ocupaban una superficie de 60.750 metros cuadrados, que incluían una masía del siglo XVIII, protegida como Patrimonio Arquitectónico.

[10]​ Pero apenas unos meses después, debido a las denuncias presentadas por varias asociaciones vecinales,[9]​ la Generalidad de Cataluña bloqueó la recalificación como equipamiento de los terrenos, considerados zona verde, y el proyecto quedó definitivamente paralizado.

Aunque la finalización de las obras estaba prevista inicialmente para 2002, distintos problemas han ido frenando el progreso del proyecto (litigios con los vecinos de la zona y problemas de financiación), ya que los planes inicialmente previstos para sufragar los gastos no han podido realizarse.

Antonio Poveda, alcalde de San Juan Despí, valoró el Joan Gamper como un punto referente del deporte catalán, y su inauguración como momento clave para la expansión de la localidad y su reforma hacia el futuro, generando también 1000 empleos en la ciudad gracias al uso terciario de 75 000 metros cuadrados y otros 35 000 para servicios sociosanitarios.

En este marco, cabe resaltar que la edificación de la ciudad deportiva hará llegar en breve a San Juan Despí una estación del Trambaix, el tranvía del Bajo Llobregat, que unirá la zona deportiva con otras localidades cercanas y con Barcelona, favoreciendo así el transporte de los deportistas.

La Ciudad Deportiva se organiza básicamente en dos plataformas a cotas distintas, que diferencian un campo de entrenamiento destinado al fútbol profesional y los campos para el fútbol base y las otras secciones.

Más adelante se completará la construcción de otros edificios, como residencia u pabellón polideportivo, este último se ubicará junto al perímetro del terreno recuperado[12]​ por la junta directiva de Sandro Rosell, convirtiendo a la Ciudad Joan Gamper en una de las más funcionales del mundo.