Como presidente del Fútbol Club Barcelona fue la persona que más tiempo estuvo al frente del equipo catalán, 22 años, y también el que más títulos consiguió durante su mandato —140 en total—.

José Luis Núñez inició oficialmente su mandato como 35.º presidente de la historia del F. C. Barcelona.

Núñez, que nunca había sido directivo de la entidad barcelonesa, presentó su candidatura a aquellas elecciones siendo un desconocido para los socios del club.

Núñez puso especial énfasis en cuidar a las peñas, entendidas como embajadoras del club.

El mayor éxito que se le atribuye a José Luis Núñez es su gestión económica.

El interés de Núñez por conseguir los máximos beneficios económicos también le valió, en cambio, algunas críticas.

La sentencia fue recurrida ante el Tribunal Supremo, por lo que no ingresaron en prisión y únicamente se acordó la retirada del pasaporte y la obligación de personarse ante el juzgado cada 15 días.

[4]​ Tras cumplir condena se reincorporó a su actividad al frente del Grupo inmobiliario Núñez y Navarro.