Esto se debe a que los componentes internos de las células dispersan la luz.
Para analizar tejidos sólidos es posible preparar en primera instancia una suspensión de células.
La adquisición es mediada por un software presente en un ordenador físicamente conectado al citómetro de flujo.
Existen protocolos específicos para hacer la separación en gates, proceso conocido como gating, tanto para propósitos clínicos como diagnósticos.
Ya que los diferentes compuestos fluorescentes utilizados para hacer el marcado poseen espectros de emisión que con frecuencia se solapan,[5] las señales recogidas por los detectores deben ser compensadas tanto electrónica como computacionalmente.
Los datos acumulados por los citómetros pueden ser analizados utilizando diferentes softwares, tales como por ejemplo WinMDI[6] (el único que es freeware), Flowjo, FCS Express, VenturiOne, CellQuest Pro, o Cytospec.
Los progresos recientes en la identificación automática de poblaciones utilizando métodos computacionales ha ofrecido una alternativa a las estrategias tradicionales del gating.
Los sistemas automatizados de identificación podrían, potencialmente, ayudar a encontrar poblaciones extremadamente pequeñas, raras, y ocultas.
Los métodos automatizados más representativos incluyen al FLOCK[8] en Immunology Database and Analysis Portal (ImmPort),[9] FLAME[10] GenePattern y flowClust,[11][12][13] en Bioconductor.
El acrónimo FACS es una marca registrada perteneciente a Becton, Dickinson and Company.
[15] Entre la gran mayoría de los investigadores que utilizan esta tecnología ya sea para la clasificación o el análisis, este término ha pasado a ser genérico en el uso común, al igual que xerox o kleenex.
La técnica fue ampliada luego por Len Herzenberg, quien fue el responsable de acuñar el término FACS.
El flujo está dispuesto de manera que existe una gran separación entre células en relación con su diámetro.
En algunos sistemas, la carga se aplica directamente a la corriente de líquido, y como resultado la gotita que se desprende retiene carga del mismo signo que la aplicada.
Luego de que la gotita se desprende, el anillo recupera una carga neutra.
[18] Esta lista es realmente larga y se encuentra en continua expansión, por citar sólo algunos ejemplos: La tecnología de la citometría de flujo tiene aplicaciones en numerosos campos, incluyendo la biología molecular, inmunología, biología vegetal y marina.
En biología marina se ha explotado las propiedades autofluorescentes del plancton fotosintético para caracterizar abundancia y estructura comunitaria.