[1]​ Pueden ser saprofitos o parásitos de plantas, animales, protistas y hasta incluso otros hongos.

Los quitridiomicetos se encuentran principalmente en el suelo, el agua dulce y las entradas saladas desde los trópicos hasta las regiones árticas.

En los ecosistemas terrestres por un lado viven como saprofitos de polen, quitina, queratina o celulosa.

Algunas especies también son parásitos de plantas obligados (por ejemplo, Synchytrium endobioticum).

[2]​[3]​ Contiene los siguientes órdenes:[4]​ Monoblepharidales Una posible filogenia encontrada por diversos autores es la siguiente:[5]​[6]​[7]​ Synchytriaceae Schröter 1892 Alogomycetaceae Doweld 2014 Lobulomycetaceae Simmons 2009 Gromochytriaceae Karpov & Aleoshin 2014 Mesochytriaceae Karpov & Aleoshin 2014 Arkayaceae Doweld 2014 Polytrichiaceae Longcore & Simmons 2012 Chytriomycetaceae Letcher 2011 Chytridiaceae Nowakowski 1878 Nephridiophagaceae Catenochytridiaceae Doweld 2014 Nowakowskiellaceae Sparrow ex Mozley-Standridge 2009 Septochytriaceae Mozley-Standridge 2009 Cladochytriaceae Schröter 1892 Endochytriaceae Sparrow ex Barr 1980 Blyttiomyces Bartsch 1939 Caulochytriaceae Subram.