Su sede se encuentra en Los Ángeles (Estados Unidos) y cuenta con más de 2000 establecimientos en cinco países.

McDonald's terminó deshaciéndose de su participación en 2006, y desde entonces Chipotle se ha mantenido como una empresa independiente.

El primer restaurante Chipotle fue inaugurado en 1993 en Denver (Colorado, Estados Unidos) por Steve Ells, un cocinero formado en el Culinary Institute of America.

Sin embargo, sus expectativas se vieron ampliamente superadas y en el primer mes llegó a vender más de 1000 burritos diarios.

[1]​ En 1995 abrió un segundo local con los beneficios del primero, y después llevó a cabo una modesta expansión mediante préstamos de pymes e inversores familiares.

Ese año el grupo había decidido deshacerse de todas las franquicias que controlaba —Chipotle, Donatos Pizza y Boston Market— para centrarse en su propia marca.

Ese mismo año inició su expansión internacional con la apertura de los primeros locales en Londres (Reino Unido) y París (Francia).

Algunos restaurantes cuentan con platos temporales para que Chipotle, en caso de éxito, los incluya en la carta.

[10]​ Toda la comida se elabora en el establecimiento salvo los frijoles y la carne de cerdo, preparadas en una cocina central en Chicago.

[15]​ La empresa repitió esa estrategia en 2013 con el cortometraje «The Scarecrow», producido por William Joyce (ganador del Óscar en 2012 al mejor corto animado) y con la canción Pure Imagination de Charlie y la fábrica de chocolate versionada por Fiona Apple.

[18]​ El caso tuvo repercusión porque varios de ellos habían recibido burritos gratis como recompensa por donar sangre.