Al ser liberado, prosiguió con su carrera militar y tuvo bajo sus órdenes al entonces coronel Charles de Gaulle con el que le unirá una gran amistad.

Pasó a la reserva del ejército en 1939, pero casi inmediatamente fue llamado de vuelta al estallar la Segunda Guerra Mundial.

Pero el 9 de junio fue arrestado por la Gestapo (unos 10 días antes que Jean Moulin), siguiendo información que tomaron a la fuerza de René Hardy, aunque muchas fuentes indican que éste pudiese haber sido un agente doble o haber sido utilizado sin saberlo por la Gestapo.

El doctor Pierre Hallot-Boyer  fue enviado desde Natzweiler a Dachau en vagones de ganado en donde había, al mismo tiempo, enfermos y heridos.

Allí registró que entre los evacuados al general Charles Delestraint y a monseñor Piguet, obispo de  Clermont-Ferrand.

[2]​ Edmont Michelet adjudicó al general Delestraint el título de responsable los franceses.

Delestraint permanece en la enfermería de Dachau hasta que los kapos lo expulsan y pasa a un bloque cerrado.

El SS Trankle se arroja sobre Delestraint y lo muele a puñetazos.

Entre la loma de tiro y el crematorio hay una pequeña barraca.