Tal como Mengele se escondió en Brasil y Eduard Roschmann lo hizo en Paraguay, Barbie también escogió Sudamérica, dada la falta de infraestructura institucional que permitía cierto margen de maniobra a individuos con tales antecedentes.

[1]​ Tras la salida del ejército alemán de Lyon, Barbie voló a Alemania y creó una nueva vida bajo identidad falsa.

Inicialmente dirigió un cabaret en Múnich e hizo tratos en el mercado negro.

[1]​ Posteriormente, Barbie fue protegido y empleado por los servicios de contraespionaje del Ejército de los Estados Unidos (CIC),[2]​ para los que trabajó en Alemania entre 1947 y 1951,[3]​[4]​ en actividades contra el comunismo.

[1]​[3]​ Lo hizo a través de una ratline —rutas de escape organizadas tras la Segunda Guerra Mundial para que criminales de guerra nazis y fascistas pudieran huir y evitar ser enjuiciados por los crímenes que habían cometido— organizada por los servicios secretos estadounidenses[5]​[6]​ y el sacerdote ustashi croata Krunoslav Draganovic, pasando circunstancialmente por la Argentina.

[7]​[8]​ Allí, Barbie adoptó el seudónimo «Klaus Altmann» —tras tomar el apellido del rabino de su pueblo natal— y comenzó a dirigir una serrería en La Paz,[3]​ negocio al que se dedicó antes de comenzar a comerciar con quinina y establecer relaciones con ex nazis refugiados en países vecinos[8]​ y con los militares locales.

Concedió entrevistas negando que fuera Barbie y afirmando que nunca estuvo en Lyon,[11]​ pero al mantenerse el acoso, volvió a Bolivia siendo amparado por las sucesivas dictaduras de Hugo Banzer (1971-1978) y Luis García Meza Tejada (1980-1981),[8]​ en cuyos golpes de Estado tomó parte.

Barbie ya había sido condenado a muerte dos veces en ausencia durante su ocultamiento en Bolivia (en 1952 y 1954, en Francia[13]​), pero dado que los crímenes de guerra que tuvieron lugar en la Francia de Vichy prescribían a los 20 años, solamente se le juzgó por las deportaciones de poblaciones civiles.

[14]​ Barbie negó todos los cargos y se limitó a declarar.

La vida de Barbie es relatada en el documental francés Mon meilleur ennemi dirigido por Kevin Macdonald.

Su nombre es usado en la película protagonizada por Sandra Bullock Our brand is crisis para desprestigiar a un político.