Ha disputado torneos internacionales, el más importante a nivel continental, la Copa Libertadores de América, en una ocasión, en 2020 y el segundo de mayor importancia a nivel continental, la Copa Sudamericana, en tres ocasiones: 2012, 2021 y 2022.

[1]​ La camiseta a bastones blancos y azules está inspirada en la que utiliza históricamente la Selección Departamental.

En la siguiente temporada tuvo una pobre actuación terminando en la 13° posición de la Tabla General.

[5]​ En la temporada 2008-2009 con Wilmar Cabrera como técnico realiza su debut en Primera División frente a Danubio en Melo con una derrota 1-0.

Para el Campeonato 2009-2010 continúan las irregularidades y después de dos temporadas Cerro Largo desciende en la 14° Fecha del Clausura.

El delantero Simón Pagua resultó clave, al anotar goles en los cuatro partidos disputados durante los play-offs.

Como curiosidad del partido, el Cerro Largo ya ganaba 3:0 apenas iban solo 14 minutos de juego.

La vuelta se realizó en un remozado Estadio Arquitecto Ubilla, pese a esto el partido terminó 0-0 quedando eliminado.

A nivel local, la campaña 2012-13 resultó la peor de la historia, finalizando 16.º (última posición) con 27 puntos, comprometiendo mucho el futuro del club en cuanto a la permanencia en Primera División, por su peligrosa posición de inicio en la Tabla del Descenso.

Sin embargo luego desde la Fecha 6 logra solo un punto ante Liverpool y 9 derrotas que lo llevan a descender en la Fecha 15 al perder de local contra el ya descendido Miramar Misiones por 1 a 0.

Se mantuvo en Segunda División hasta la temporada 2018, donde en ese mismo año, no solo ascendieron a la Primera División, sino que lograron el título con 54 puntos, producto de 14 victorias y 9 empates.

En 2019, Cerro Largo firmó un convenio con Boca Juniors, de forma que el club argentino cedió a Mauro Luna Diale, Lucas Arzamendia y Agustín Heredia.

En total logró 21 victorias, 6 empates y 10 derrotas en la temporada, logrando una tercera posición en la Tabla Anual con 69 puntos, clasificándose a la segunda ronda pre-clasificatoria de la Copa Libertadores 2020, siendo la primera vez en su historia en participar del máximo torneo continental.

Esa temporada el Campeonato Uruguayo de Primera División 2020, culminaría en 5.º lugar, con 50 puntos, clasificándose a la Copa Sudamericana 2021, siendo el primer club del interior del país en clasificarse en dos ocasiones seguidas a competiciones internacionales.

De todas maneras la gran campaña del club lo clasificó nuevamente en la Copa sudamericana.

Alrededor hay un grueso borde azul, donde se ubica el nombre completo de la institución.

La comisión directiva cuenta con 18 integrantes y está comandada por el presidente de la institución.

Durante varias temporadas, incluyendo las que disputó en Segunda División el equipo logró un promedio de entradas solamente inferior a Peñarol y Nacional.

También tiene rivalidades menores ante otros equipos del Interior como Deportivo Maldonado, Atenas de San Carlos y Durazno Fútbol Club aunque los dos primeros eran equipos amateurs que se convirtieron en profesionales y no representativos del departamento, y el último tuvo una vida efímera en torneos AUF regresando a los mismos en la temporada 2022.