El Centro se estableció a partir de un programa de investigaciones que existiera previamente (1985-1987) sobre América Latina desde donde se hicieron los primeros estudios arqueológicos sistemáticos en Buenos Aires, Mendoza, Córdoba y otras ciudades de la Argentina.

La necesidad de establecer en el país un Centro dedicado a esta materia venía siendo obviado y negado por una larga tradición de la arqueología prehistórica que presumía que bajo las ciudades no había nada conservado, o si lo había era importante sólo en la medida en que permitía estudiar tiempos pre-coloniales, como en el caso de México.

La dirección del Centro fue confiada en esa oportunidad al Dr. Daniel Schávelzon.

Esto ha ido dando a América Latina nivel internacional, lo que se ha visto culminado con los Congreso Nacionales de Arqueología Histórica, que desde el CAU surgieron en el 2000 y ya se han realizado otros en 2003, 2006, 2009 y 2012.

Luego siguieron con propia identidad o como parte de eventos mayores los de México, Lima, Chile, Brasil, Guatemala y varios más.