Por su parte, la sede de Pergamino está basada en el Centro Regional Universitario de Pergamino (CRUP), una iniciativa similar al CURJ que comenzó a funcionar al año siguiente, en 1991.
El entonces intendente Ing. Abel Miguel, a cargo del poder ejecutivo de Junín entre 1983 y 2003, encabeza diferentes gestiones ante autoridades nacionales, pero no logra avanzar debido a la decisión de la administración no crear nuevas universidades nacionales.
En mayo de 1990 se firma el convenio correspondiente y comienza a funcionar el Centro Universitario Regional Junín (CURJ).
Constituyó una experiencia inédita: por primera vez dos universidades nacionales compartirían un lugar físico, comprometiéndose a efectuar una real integración de sus estructuras académicas.
El objetivo central era generar recursos para el sostenimiento económico del centro universitario, para lo cual realizó campañas de socios adherentes y firmó convenios de colaboración con municipios vecinos.
Junín fue pionera en este tipo de emprendimiento, y el éxito logrado motivó a otras ciudades del interior para seguir el mismo camino.
Por ejemplo en Derecho las cursadas son regulares sólo en Junín, mientras que en los demás centros se conforman de tres a cuatro mesas de exámenes libres al año o se dictan sólo el primer y segundo año de la carrera.
Así surge el Centro Regional Universitario de Pergamino (CRUP).
Al año siguiente egresarían los primeros informáticos, ingenieros y abogados.