El Centro Ecológico de Sonora es un jardín zoológico que tiene como hábitat natural el desierto sonorense.

En esta área se comprenden sólo organismos de tamaño pequeño.

[1]​ Este espacio ilustra el funcionamiento de las granjas, usualmente ubicadas en zonas rurales.

Se cuenta con la presencia de animales domésticos como el burro pigmeo (Equus africanus asinus), la cabra doméstica (Capra aegagrus hircus), el borrego pelibuey (Ovis orientalis aries), el caballo poni (Equus sp.

Cuenta con una exhibición de pieles, ecosistemas marinos, aves, insectos y fósiles.

También se realizan exposiciones temporales con especies vivas de arácnidos y reptiles.