[1]​ El museo permaneció en su primera ubicación hasta 1972 que se trasladó el 12 de julio a la antigua Cilla del Cabildo.

[3]​ La oferta cultural del Centro se complementa con la visita al propio monumento que alberga un importante patrimonio artístico y arqueológico, producto de su dilatada historia.

Su primer director fue José Antonio Chacón, que estuvo al frente del museo entre 1998[4]​ y 2003.

Permaneció en el cargo hasta 2009,[6]​ cuando pasó a dirigir el Museo Picasso de Málaga.

[14]​ En la actualidad, su directora es la coleccionista Jimena Blázquez Abascal,[15]​ conocida por su gestión previa en la Fundación Montenmedio.