[4]​ El catolicosado fue establecido por el arzobispo Davit Thornikian, que estaba relacionado con los Arcruni, la dinastía gobernante del reino armenio independiente de Vaspurakan.

Los catolicós de Aghtamar inicialmente reclamaron jurisdicción general y suprema sobre el cristianismo armenio.

Durante la invasión mongola de 1393-1394 el catolicós Zacharia II Nahatak fue ejecutado.

En los tiempos modernos, la autocefalia definitivamente se perdió y el catolicosado quedó bajo la jurisdicción directa de Echmiadzin.

En el siglo XIX el patriarcado armenio de Constantinopla reclamó jurisdicción sobre Aghtamar e intentó varias veces derrocar a los catolicós.

Para facilitar los contactos entre los extranjeros y los catolicós, el catolicós Khacatur III Shiroyan estableció una residencia en tierra firme en el monasterio de Akhavank (hoy Gevaş), en la orilla sur del lago Van.

El catolicosado fue ampliamente desacreditado y al morir el catolicós Khacatur III Shiroyan el 24 de diciembre de 1895 quedó vacante y nunca más tuvo un titular.

Las dos diócesis que formaron el catolicosado fueron transferidas a la jurisdicción del patriarcado armenio de Constantinopla.

[7]​ El catolicosado permaneció vacante, pero todavía hubo un locum tenens, el vardapet Arsan Markarian, quien fue asesinado en 1904.