Es sucesora de una iglesia medieval hoy destruida, que fue la primera catedral del país.
En 1056, Skálholt fue elegida como la primera sede episcopal de Islandia por su primer obispo, Ísleifur Gissurarson.
Por ese motivo, la sede episcopal de Skálholt fue abolida en 1785 y trasladada a Reikiavik.
Tiene planta de cruz latina, con un transepto que separa la nave del pequeño coro.
En la torre del crucero hay una pequeña colección de libros religiosos antiguos.