Al menos desde el siglo IX hubo dos catedrales en Bérgamo: una era la basílica de san Alejandro, que se había erigido en el sitio en que se creía que había sido martirizado, y la otra estaba dedicada a san Vicente, cuya construcción aparentemente comenzó en la era longombarda, en el sitio de la actual catedral.

El obispo Giovanni Barozzi encargó la reconstrucción de la catedral de san Vicente a mediados del siglo XV, cuyo proyecto fue encargado a Antonio di Pietro Averlino, más conocido como Filarete.

A principios del siglo XVII el obispo Giovanni Emo unificó los canónigos de las dos viejas catedrales.

En 1689, la edificación fue restaurada según proyecto de Carlo Fontana.

Otra renovación importante fue emprendida en el siglo XIX, culminando con la finalización de la fachada occidental neoclásica en 1889.