[2]​ Originalmente la catedral fue construida en madera junto a la Casa del Cabildo y en la Plaza de Armas, (actual Parque Seminario) luego el templo fue destruido por un incendio en 1692.

Hasta el año de 1639 cuando se decide derrocar debido a que había sufrido daños considerables por un incendio y para evitar el constante peligro hacia sus feligreses se decidió su demolición para luego comenzar con su reparación.

A partir de su apertura no tuvo mayores cambios hasta que en 1822 el monseñor guayaquileño Francisco Xavier de Garaycoa y Llaguno decidió renovarle su arquitectura agregando una nueva torre a su fachada sumándose 2.

En 1870 la estructura pierde todo vestigio colonial debido a las nuevas corrientes arquitectónicas al más puro estilo neoclásico.

En este lugar se encuentran inhumados varios de los obispos y religiosos que actuaron en la catedral siendo los siguientes: