Originalmente fue erigida como convento de la Asunción, la quinta fundación franciscana en México.

Se estableció en 1525 por los doce primeros frailes franciscanos que llegaron al país, con la ayuda de un nuevo grupo recién llegado de España.

La catedral de Cuernavaca forma parte del conjunto de conventos bajo la denominación Primeros monasterios del siglo XVI en las faldas del Popocatépetl declarada Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en 1994.

[1]​ En 1525, cuatro años después de la conquista, arribaron a las costas de México varios grupos de misioneros, siendo los primeros en establecerse en el Valle de Morelos los 12 primeros frailes franciscanos; procedían a edificar la capilla abierta para colaborar en convertir a la fe cristiana a los indígenas.

La orden fue fundada por Francisco de Asís en el siglo XIII.