Internamente la Basílica consiste en tres naves, dos laterales menores y una central sobre la que se encuentra una cúpula adornada con mosaicos monócromos.

La imagen fue entonces trasladada a la iglesia parroquial cuando se finalizó su construcción alrededor de finales del siglo XVII.

La motivación fundamental del Arzobispo era la gratitud por un milagro recibido en su persona ya que él mismo llegó gravemente enfermo al pequeño pueblo de Esquipulas y postrado ante la bella imagen oró con insistencia al Señor implorando su curación, hecho sucedido inmediatamente en lo que era el primer Santuario del Señor de Esquipulas, y que luego se convirtió en la Parroquia de Santiago cuando la imagen fue trasladada al nuevo templo.

Como en el Este, "no está prohibido comerciar durante el peregrinaje"; y cuando no hay guerras que pongan en peligro a los viajeros, ochenta mil personas se han reunido en el lugar para rendirle culto a "Nuestro Señor de Esquipulas".»[2]​ En ese tiempo, la población de Esquipulas ascendía a 1500 indígenas y sólo tenía una calle de aproximadamente una milla de largo con casas de adobe a ambos lados y con un puente que pasaba sobre un riachuelo, afluente del río Lempa.

[3]​ En cuanto al templo, Stephens lo describió así: El templo, que se erige en solitario en medio de una región salvaje y desolada parecía la obra de un hechizo.

La fachada era rica estaba profusamente adornada con enormes imágenes de estuco y en cada esquina había una torre, y sobre la cúpula una aguja que en su cúspide mostraba a los cuatro vientos la corona del otrora orgulloso imperio que arrebató la mayor parte de América a sus propietarios legítimos, la dominó por tres siglos con mano de hierro, y anora no tenía ni un pie de tierra, ni un súbdito en todas estas tierras.

Entraron a las iglesia por un magnífico portal, ricamente adornado con imágenes cristianas.

Frente al altar, en una fastuosa capilla, está una imagen del Salvador en la cruz, "Nuestro Señor de Esquipulas", a quien está consagrada la iglesia, famosa por sus poderes milagros.