No se le debe confundir con el Fuerte San Felipe del Morro en San Juan, Puerto Rico, que además de estar situados en ciudades de dos islas antillanas y compartir nombres parecidos, también en apariencia son muy similares.

El famoso ingeniero italiano Bautista Antonelli fue quien dirigió los trabajos de construcción y diseño, de forma que se pudieran aprovechar las posibilidades defensivas y ofensivas del terreno sobre el que se levantaba.

Para ello se comisionó al ingeniero Agustín Crame, quien se desplazó a Santiago y proyectó pequeñas reparaciones así como la configuración de nuevas baterías y obras exteriores.

A pesar de que en el proyecto intervino el ingeniero Juan Martín Cermeño como supervisor,[2]​ recientes investigaciones han identificado cómo sus consideraciones no fueron finalmente ejecutadas, siendo parte de lo dispuesto por Crame lo que finalmente se construiría con algunas modificaciones posteriores.

[4]​ Es considerado por los entendidos como el mayor y más completo ejemplo de las construcciones militares renacentistas españolas en el Nuevo Mundo.