Diseñó las fortalezas que debían proteger el acceso: una en la Isla de Venados (hoy Zacatillo) y otra en Punta Amapala (hoy Punta Chiquirín).

Completó así mismo el estudio topográfico de la ruta terrestre Amapala-Puerto Caballos, la cual pasaría por Comayagua y por San Pedro Sula; estimó dicho recorrido en 60 leguas.

Su trabajo fue decisivo en la terminación del primer acueducto de La Habana, la Zanja Real.

Esta misión se prolongó tres años en los que pasaron numerosas penalidades.

Dos años después Juan Bautista regresa a España para informar al Rey Felipe III sobre el estado de las obras que se estaban realizando en ultramar.

De vuelta a América, Juan Bautista continuó trabajando junto a su primo en Cartagena de Indias supliendo las largas ausencias que este hacía en Panamá y Portobelo.

No obstante, y a indicaciones de su majestad, en el viaje de vuelta pasó primero por Puerto Rico donde comenzó a fortificar la entrada al puerto.