Durante el shogunato Tokugawa, la capital del país era Edo, pero en Kioto residía la Corte Imperial.
En 1788, el palacio interior fue destruido por un incendio que se propagó por la ciudad, quedando prácticamente abandonado hasta 1893.
En 1939 el palacio fue donado a la ciudad de Kioto y se abrió al público en 1940.
También contaba con un muro mucho más sencillo que rodeaba el Palacio de Ninomaru.
Localizado en el lado este, se caracteriza por su elegante y simple estilo arquitectónico Shoin-zukuri, con un aire del japonés samurai.
Lejos de intentar ocultar las entradas a las habitaciones donde se encontraban sus guardaespaldas, como en muchos castillos, los Tokugawa preferían mostrarlas prominentemente para expresar un sentido de intimidación y poder a todos los visitantes del Periodo Edo.
El área del castillo tiene varios jardines, así como arboledas de cerezos y árboles ume: